Иногда при сборке в среде cygwin выдается сообщение (сегодня я на него наткнулся в Win 7 32 bit при сборке клиента tintin++)
‘conftest.exe’: Permission denied.
Или rm: can’t stat conftest.exe или что-то похожее
Чаще всего это бывает при запуске скрипта configure
Я погуглил, этот глюк бывает в Windows из-за того, что выключена служба Windows Application Experience service (в русской Винде – Информация о совместимости приложений). Ее надо включить для чего надо запустить services.msc, найти ее там и включить. Мне помогло.